Ein Kompetenzfeld, in dem sich die JR-AquaConSol GmbH deutlich von den Mitbewerbern abgrenzt, ist die vom Unternehmen angebotene unterstützende Softwareentwicklung. Dabei werden für die anderen Kompetenzfelder Softwarelösungen entwickelt, die in der Projektbearbeitung im Unternehmen eingesetzt werden. Die Projektbearbeitung wird dadurch einerseits effizienter, andererseits werden Lösungen entwickelt, die durch am Markt erhältliche Software nicht abgedeckt werden können. Im Wesentlichen handelt es sich bei den Softwarelösungen um sehr spezifische Datenauswertetools, die kundenspezifisch und problemlösungsorientiert entwickelt werden, sowie um Datenbanken zur Verwaltung und zur Visualisierung von raum- und zeitbezogenen Daten.
Wesentlichen Raum nimmt auch die Entwicklung von Schnittstellen zwischen der Software für die numerische Simulation und geografischen Informationssystemen ein. Damit wird einerseits die Grundlage für eine effiziente Unterstützung des Kalibrationsprozesses komplexer numerischer Grundwasserströmungs- und -transportmodelle geschaffen, andererseits die Basis für das Prä- und Postprozessing in der numerischen Modellierung sowie die Visualisierung von Modellierungs- und Projektergebnissen.
Spezifische Bedeutung erlangt die Softwareentwicklung in der Kopplung von numerischen Modellen, mit der Grundwasserströmungs-, Stoff- und Wärmetransportmodellsoftware FEFLOW über den dort implementierten Interface Manager.